商业秘密是一个企业的核心内容，它关乎企业的竞争力，对企业的发展至关重要，甚至直接影响到企业的生存。由于商业秘密蕴含着巨大的经济价值，使其日益成为不法行为所侵害的对象。
保密制度建立的目的就在于保护企业的商业秘密：
1、规范的保密制度最大的作用是：约束所了解企业商业秘密的员工或者其他个人和企业，明确了商业秘密的范围。
保密性本身就是商业秘密的构成要件之一。如果没有证据表明用人单位对材料或信息采取了一定保密措施，就不能认定其属于商业秘密。而保密协议中的约定就可以作为用人单位采取了保密措施的证据。
2、根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接约定违约金，否则将面临被认定无效的风险。
但这并不意味着保密协议中不可以约定违约责任。企业可以在保密协议中约定：赔偿的内容以及计算赔偿数额的方式。
例：如员工违反保密义务，须赔偿因其违约行为造成的实际损失，实际损失难以计算的，赔偿数额为员工因违约行为获得的全部利益。
3、规范的保密制度中的各项保密措施(例：保密协议，员工手册等)对员工以及其他接触企业商业秘密的个人或者企业具有提醒、警示的作用。
建立规范的保密制度，有利于企业的良性发展，商业机密不被窃取。企业需提高对商业秘密的保护意识，加强对商业秘密保护的防范与救济措施，建立健全既保护企业商业秘密又防止侵犯他人合法权益的双向管理机制。